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JRES 2013

Retour d'expérience sur la mise en place d’une grappe de calcul à usage interactif pour les neurosciences

Auteurs : Jérôme COLOMBET, Florent JAILLET
40 : Retour d'expérience sur la mise en place d’une grappe de calcul à usage interactif pour les neurosciences
L’Institut de Neurosciences de la Timone (INT) a récemment déployé une grappe de calcul pour le traitement de données en neurosciences. Cette grappe qui comporte une tête et 16 nœuds de calcul fonctionne sous Debian Squeeze et accède en parallèle (DirectFlow) à une grappe de stockage Panasas PAS12. Ce stockage sert également d'espace partagé à l’ensemble de l’Institut pour tout type de données, notamment bureautiques.

La configuration retenue répond aux besoins spécifiques de l'INT :
- grande simplicité d’utilisation pour des utilisateurs non-experts en calcul scientifique ;
- mise à disposition d’une grande variété d’applications graphiques et interactives pour les neurosciences ;
- besoins en calcul parallèle limités au cas trivial (embarrassingly parallel problems) ;
- possibilité d’accès à distance avec un débit limité depuis des postes multi-OS ;
- simplicité d’administration de la solution.

Pour faciliter l'utilisation de la grappe, l'accès au gestionnaire de ressources libre OAR se fait indirectement au travers d'un jeu réduit de commandes d’habillage spécifiques codées en Python.

L'accès distant peut se faire via SSH avec déport X11 ou via la technologie NX qui permet une utilisation confortable même avec un débit limité et l’affichage d’un bureau graphique Gnome complet.

L’administration de la grappe est facilitée par une configuration diskless du système d’exploitation des nœuds et par l'utilisation du gestionnaire de paquets APT de Debian, pour l'installation et la mise à jour des applications.

Notre poster précisera les besoins des utilisateurs, les choix technologiques retenus, les difficultés rencontrées et l’investissement financier et humain qui a été nécessaire. Nous ferons également un bilan sur la solution et son utilisation actuelle.

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